Su progresión continuó cinco años más tarde, cuando fue nombrado primer organista de la catedral de El Burgo de Osma (Soria). Aunque se trataba de un cargo de mayor categoría que el anterior, el salario era inferior y, además, para acceder a él era preciso obtener las pruebas de limpieza de sangre, que eran muy costosas. Acuciado por los problemas económicos, Durón se trasladó a Palencia, en cuya catedral fungiría como organista mayor entre 1686 y 1691.
Su excelente desempeño en el principal templo palentino le procuró un gran prestigio, en virtud del cual comenzaría a trabajar, en septiembre de 1691, en el centro más destacado de la música española de su tiempo: la Real Capilla de Madrid. A lo largo de su etapa en la capital, Durón fue el principal exponente de nuestra música, tanto de la religiosa como de la profana, en particular la teatral. La trascendencia de su obra escénica radica principalmente en que representa, en palabras de Andrés Ruiz Tarazona, “los últimos resplandores de un arte lírico genuinamente ibérico, antes de que la entrada en España de los Coradini, Mele, Conforto y otros impusiera el estilo italiano”. Ello no quiere decir que sus composiciones estén ancladas en el viejo estilo de Juan Hidalgo de Polanco; antes al contrario, su obra presenta rasgos armónicos, melódicos, rítmicos e instrumentales muy innovadores, que anticipan la llegada de una nueva época en el teatro lírico hispano. Las zarzuelas Salir el amor del mundo(1696) y Selva encantada de amor (ca. 1698), así como La guerra de los gigantes (1698), denominada “ópera escénica”, son algunas de sus piezas más sobresalientes. Por otro lado, su producción religiosa supera el millar de composiciones, de las cuales se ha conservado menos de una décima parte, entre ellas misereres, misas, oficios de difuntos y lamentaciones.
Durón llegó a ser maestro de la Real Capilla y rector del colegio de su majestad, pero el desarrollo de la Guerra de Sucesión, que enfrentó a los partidarios del archiduque Carlos de Austria con los de Felipe de Borbón, dificultó en gran medida su permanencia en ambos cargos y, en último término, le condujo a ponerse al servicio de algunos nobles, como el conde de Oñate y el de Salvatierra. Más tarde, de resultas de su apoyo al archiduque Carlos, fue apresado y llevado al destierro a Francia; en primer lugar residió en Bayona y, más adelante, en Pau. Probablemente a causa de la tuberculosis, Durón falleció en 1716 en su ostracismo francés, en concreto en Cambo-les-Bains, donde ejercía como capellán de la reina Mariana de Neoburgo.
