Dentro de la colección de África es interesante destacar el fondo cartográfico. Esta colección comprende unos 2.500 mapas principalmente de finales del siglo XIX y primera mitad del siglo XX, principalmente de la zona de Marruecos, Ceuta y Melilla, la mayor parte de ellos levantados por el Servicio Geográfico del Ejército y el Servicio Geológico del África Occidental Española, y editados por el Gobierno General del Sáhara Español, la Delegación de Asuntos Indígenas y la Secretaría Técnica de Marruecos.

El Mapa de la parte Norte de Marruecos tiene una gran importancia ya que sirvió como documento de apoyo para las negociaciones entre Francia y España respecto al futuro de Marruecos. Se considera el primer documento cartográfico publicado relativo a Marruecos y constituye el primer reconocimiento público de las actividades desarrolladas en Marruecos por la Comisión del Cuerpo de Estado Mayor, que hasta entonces se habían mantenido en secreto.

El mapa actuó como una imagen gráfica de las pretensiones españolas de crear un imperio en África realizándose antes de que se proclamara internacionalmente el Protectorado.

El mapa es de una gran calidad cartográfica en la representación del relieve y en la ubicación de la toponimia lo que permitía situar a Marruecos en el mapa constituyéndose, además, en objeto de propaganda.

El Mapa de la parte Norte de Marruecos se publicó por primera vez en 1906 teniendo varias reimpresiones hasta el año 1915 y considerándose uno de los mapas del Depósito de la Guerra con mayor difusión. Un ejemplo de cartografía colonial de comienzos del siglo XX.