Una parte importante del fondo musical más antiguo de la Biblioteca se conserva en los depósitos del Departamento de Patrimonio Bibliográfico. Entre las fuentes medievales destacan, además de los citados códices de monodia cortesana y polifonía de Notre-Dame procedentes de la Catedral de Toledo, diversos códices originales de la antigua liturgia hispana, también llamada visigótico-mozárabe, de los siglos X-XI (algunos copiados en el siglo XVIII), un número importante de códices litúrgicos de los siglos XII-XV, tratados teóricos primitivos y algunos importantes incunables de música, entre los que se cuenta Lux bella (Sevilla, 1492), del bachiller Marcos Durán, considerado el primer libro de teoría musical impreso en España.