Fue hija ilegítima de la criolla Isabel Ramírez de Santillana y del capitán español Pedro Manuel de Asbaje. Creció en la hacienda que poseía su abuelo en Panoayán y en 1664 comenzó a servir a la virreina en calidad de dama de honor. Su memoria y brillantez dejaron asombrados a la corte, que la veía como un prodigio de la naturaleza. Reacia al matrimonio, decidió que la mejor opción que le quedaba era hacerse religiosa, por lo que con 16 años ingresó en un convento como carmelita descalza, en el que solo vivió unos meses por su mala salud, agravada por una disciplina excesivamente férrea, lo que la llevó a entrar en el convento de la Orden de San Jerónimo, donde vivió más cómodamente e incluso con esclavas a su disposición.

Independiente y consciente de su propia valía, despertó envidias y recelos. Sin embargo, su calidad se abrió camino y ya en vida disfrutó de un amplio reconocimiento, incluido el importante apoyo de la virreina María Luisa Manrique de Lara, a quien dedicó muchos de sus poemas. De ellos, es quizá el más famoso es la redondilla que comienza con “Hombres necios que acusáis…”, un temprano y firme alegato en defensa de la mujer. La riqueza verbal y expresiva de sus poemas la ha convertido en un deleite para los especialistas, que nunca acaban de descubrir todo lo que hay detrás de sus palabras, y en un reto para los lectores, que pueden sentirse abrumados por la exuberancia de su estilo, pero que se ven deslumbrados por el resplandor de su audacia formal y profundidad moral. De entre sus variados poemas, que incluyen emotivos sonetos de amor, composiciones satíricas y numerosas referencias mitológicas, los expertos han destacado el Primer sueño (1692), largo poema que ya desde su título homenajea a Góngora. De fuerte contenido alegórico y esquiva interpretación, se suele situar entre las grandes creaciones en lengua castellana.

Escribió igualmente teatro, que se representó en entornos palaciegos: la calderoniana Los empeños de una casa y Amor es laberinto, representada por primera vez en 1683, en la línea de Lope de Vega, que se llevó a escena en ocasión del cumpleaños del virrey de Nueva España Gaspar de Sandoval. Entre la poesía y el teatro se encuentran las doce loas que dedicó a personajes notables como Carlos II y que se representaban en la corte; y sus famosos villancicos, composiciones de estilo popular que escribió para conmemorar festividades religiosas. Junto a estos textos alegres y desenfadados, también cultivó con acierto el auto sacramental, con títulos tan destacados como El divino Narciso (1690).

Su exposición pública hizo que algunos sectores del clero reprocharan su estilo de vida, exigiendo que se dedicara a tareas más propias de una mujer, además religiosa. Su valiente réplica se plasmó en su Respuesta a Sor Filotea, en la que valoraba la capacidad intelectual de las mujeres y su derecho a expresarse libremente. A pesar de ello, en los últimos años de su vida se produjo un cambio en su actitud, que ha despertado interpretaciones diferentes. Por el motivo que fuera, la realidad es que dejó de escribir y falleció prematuramente tras cuidar de sus hermanas monjas tras una epidemia de peste que asoló México en 1695 y de la que ella misma sería víctima. Reivindicada desde las posiciones más divergentes, a veces totalmente opuestas, para algunos figura feminista adelantada a su tiempo, para otros firme adalid del catolicismo, barroca y moderna, misteriosa y clarividente, como pasa con los más grandes autores, cada lector puede descubrir a su propia sor Juana Inés de la Cruz.