Se presentó a las oposiciones  al Cuerpo de Archiveros, Bibliotecarios y Arqueólogos, y ganó una plaza en la Biblioteca del Ministerio de Fomento en Madrid.

En Madrid,  entabló amistad con Unamuno. Coincidían en su preocupación por España y por el porvenir de la nación, y también eran compañeros de oposición a la Cátedra de Griego. Unamuno aspiraba a la de Salamanca y la consiguió y Ganivet a la de Granada pero no la consiguió. Por esas fechas, en 1892, conoció a Amelia Roldán Llanos.  De su relación nacieron dos hijos: Natalia, que murió al poco de nacer, y Ángel Tristán. La pareja nunca se casó y no tuvieron una relación caracterizada por la armonía, debido quizá al temperamento depresivo y exigente con el mundo y consigo mismo del escritor.

Siguió la carrera consular, en 1892 se examinó y dos años más tarde representó a España en Amberes como Vicecónsul. En 1895, ascendió a Cónsul y fue destinado a Helsingfors (Helsinki). En los dos años y pico que pasó en Finlandia produjo la mayor parte de su obra literaria, pero el consulado fue suprimido por escasa actividad comercial. En agosto de 1898 fue trasladado a Riga, capital de Letonia. En esa época, la profunda depresión que le invadía se le hizo insoportable lejos de su familia y  de su país. Acusó la pérdida del imperio colonial y el papel secundario que el nuevo orden internacional reservó a España.

A finales de noviembre de ese mismo año, durante un trayecto sobre el río Dvina, que cruza la ciudad de Riga, se lanzó a las heladas aguas, con la clara intención de quitarse la vida. Los que iban a su lado pudieron rescatarle pero una vez a salvo volvió a arrojarse por la borda, y esta vez ya no pudieron ayudarle.

A pesar de su prematura muerte dejó una abundante obra periodística, ensayística, epistolar y literaria.

Colaboró en el Defensor de Granada. Publicó estudios literarios sobre Lie, Ibsen, Björnstjerne-Björnson, Strindberg, Brandes y otros literatos escandinavos, reunidos más tarde con el título de Hombres del  Norte (1905), semblanzas críticas de literatos noruegos, dinamarqueses, suecos y finlandeses. Cartas finlandesas aparecieron en 1898.

En Helsingfors publicó, en 1896, Granada la bella y en 1897 en Madrid, la novela La conquista del reino de Maya por el último conquistador español Pío Cid.

Más filósofo que narrador, en 1897 publicó su obra más notable, Idearium español. Ensayo sobre filosofía de la historia de España, donde pasa revista a los problemas de España en relación a los problemas de Europa y exalta las virtudes de lo español, a través de los clásicos y de la historia. Ganivet es considerado un precursor de la Generación del 98.