Diversas fuentes apuntan a que abandonó Toledo en torno a 1085, momento en que Alfonso VI se hace con el poder de la ciudad, para trasladarse a Córdoba. Allí, protegido por el rey al-Mu‘támid, continuó sus estudios e investigaciones. Se dedicó durante veinticinco años a observar los movimientos del sol, y treinta y siete a los de la luna. Resultado de este tiempo invertido fueron muchas de sus conclusiones más aclamadas, como su acertada cifra sobre la variación del apogeo solar, pues atinó en su estimación del ángulo con el que se observa el sol cuando este se encuentra en el punto más lejano de la eclíptica.

La mayoría de las obras que conocemos de Azarquiel nos han llegado a través de noticias pues no constan ejemplares originales de ellas. Es el caso de un tratado fruto de su observación del sol o algunas correcciones a teorías ptolemaicas. Otras, en cambio, lo han hecho a través de traducciones desde el latín o el hebreo. Es el caso de sus revolucionaras Tablas toledanas, que suponen el antecedente directo de las tablas alfonsíes.

Además de obras tabulares, escribió tratados teóricos e instrumentales. Se le han atribuido tratados sobre la esfera armilar y sobre un equatorium (una herramienta que permite calcular la longitud de un planeta). La realidad es que su mayor aportación a la instrumentística astronómica es la azafea. La azafea es también conocida como astrolabio universal, dado que cumple la misma función que este salvo porque esta puede ser utilizada desde cualquier latitud. En el «Tratado de la azafea» (incluido en los Libros del saber de astronomía del rey Alfonso X), explica el mecanismo que permite su funcionamiento y sus aplicaciones.  También es obra suya el Libro de la lámina de los siete planetas, una suerte de planetario. Diferente es el contenido de Sobre el movimiento y las influencias de los planetas, obra de contenido mágico en el que relaciona los cuadrados mágicos con los planetas y plantea cierta suerte de conjuros. 

Murió en Córdoba en el año 1100. En su honor, Giovanni Riccioli llamó a uno de los cráteres lunares Arzachel (otra de las comunes latinizaciones del nombre del astrónomo). 

(Servicio de Información Bibliográfica)