En 1890 se produjo uno de las situaciones más comprometidas de su carrera, cuando a causa de la publicación de Ni en la vida ni en la muerte, un ataque despiadado al caciquismo y al clero, es procesado y pasa dieciséis días en prisión. Un año después escribió Desde la quilla hasta el tope, una autobiografía ficticia. Tras la muerte de su esposa en 1896 decidió abandonar la escritura.

En 1903 volvió a casarse y comenzó a interesarse en los diversos avances científicos de la época, desarrollando el concepto de “antropocultura”. En 1907 publicó La rendición de Santiago, novela en la que retomó la crítica social. Pese a no haber conseguido ningún gran éxito literario ni gran consideración crítica, fue muy admirado por autores jóvenes como Baroja y Azorín, quien veía en él a un precursor de la novela psicológica.

Muy culto y viajado, conferenciante en el Ateneo, de trato afable, poseedor de una suave ironía, dialoguista brillante, gran observador de caracteres, prosista personal y sutil a la vez que sorprendente, fue un claro antecesor de los autores de la Generación del 98. Otro de sus grandes admiradores fue Ramón Gómez de la Serna, quien en 1918 publicó algunos de sus textos que habían quedado inéditos a su muerte.