La BNE conserva más de un millar de obras de cartografía, geografía, astronomía, viajes, etc. destacando un importante conjunto de atlas flamencos, holandeses, franceses, italianos, ingleses, alemanes y españoles de los siglos XVI al XIX.

Muchos de estos atlas corresponden a ediciones importantes por su rareza, por la escasez de ejemplares y por su belleza. Uno de ellos Atlas sive Cosmographicae meditationes de fabrica mundi et fabricati figura (1595) es el de Gerard Mercator, matemático y cartógrafo holandés, considerado el padre de la cartografía moderna. Su notoriedad se debe a su famosa “proyección Mercator”, un sistema de proyección cartográfica ideada en 1569 que respeta las formas de los continentes pero no sus tamaños. En esta obra se emplea por primera vez la palabra “atlas” para designar un conjunto de mapas.

Animó Abraham Ortelius a hacer el primer atlas moderno, Theatrum Orbis Terrarum en 1570. Posteriormente Mercator comenzó a elaborar su propio atlas, organizado en varios tomos, el primero de los cuales fue publicado en 1578 y consistía en una versión corregida de los mapas de Ptolomeo. Posteriormente se fueron añadiendo mapas de diferentes países. Mercator falleció sin haber terminado su atlas. Fue su hijo Rumold Mercator, quien concluiría la obra publicando más mapas en 1595.