Es muy numeroso el fondo histórico y genealógico de la BNE, especialmente en lo referente a las edades Media y Moderna. Dada la presencia internacional de los reinos hispánicos en estos momentos se trata de una colección muy importante no sólo para la historia peninsular, sino también para la historia europea de estos momentos.

Como ejemplo, la Crónica de Juan Fernández de Heredia, un importante testimonio de la expansión de la Corona de Aragón por el Mediterráneo en la baja Edad Media.

También es muy importante el fondo genealógico: armoriales, nobiliarios, árboles genealógicos, y, sobre todo, una gran colección de cartas ejecutorias de hidalguía, documentos con los que se certificaba la condición de hidalgo de su poseedor y que por ello recibieron a menudo una rica decoración iluminada, con temas religiosos o retratos del monarca reinante. Buena parte de ellas procede de la biblioteca de Juan Alfonso Guerra, rey de armas de Felipe V.