El índice inquisitorial de 1559, conocido como Índice de Valdés por ser inquisidor general Fernando de Valdés, recogía la actividad censora anterior, pero incluía además nuevas prohibiciones (creció en número especialmente el apartado de libros en castellano). Comienza con un prólogo del inquisidor general y un breve del papa Pablo IV. A continuación las prohibiciones están ordenadas por lenguas: primero los libros en latín, después en castellano y finalmente el resto de lenguas vernáculas. Entre las prohibiciones se insertan las reglas que la Inquisición había enviado a algunas instituciones (universidades, monasterios, iglesias, etc.) para que revisasen sus libros y delatasen aquellos que no las cumplieran. Esas reglas establecían que quedaban prohibidos los libros publicados sin nombre del autor, impresor, lugar o fecha; las traducciones en lengua vulgar de la Biblia; los libros de Horas que contenían supersticiones, los libros de nigromancia, etc.