Manuscrits en alfabets no llatins
La BNE inclou en la seva col·lecció conjunts no gaire nombrosos de manuscrits en escriptura grega, hebrea, àrab i, fins i tot, en altres llengües africanes, com el ge’ez o etiòpic clàssic, llengua litúrgica de l'església etíop, col·leccionats fonamentalment com a testimoniatge del cristianisme a Etiòpia. La procedència de les peces és variada.
Àrab
El fons de manuscrits en escriptures àrabs de la BNE és el segon del nostre país en importància, després de la biblioteca del Real Monestir de l'Escorial, pel nombre de peces que recull.
Dins del fons, la majoria de les obres estan escrites en llengua àrab, però també hi ha manuscrits aljamiados (això és, escrits en castellà antic però amb caràcters àrabs), manuscrits turcs i manuscrits perses. Molts manquen d'informació sobre la data de producció, però una gran part han estat produïts entre els segles XV i XIX. Des del punt de vista històric, els més significatius probablement siguin els manuscrits produïts a Espanya durant el segle XV, com a testimoniatge de la cultura de la població morisca de l'època.
Quant a la temàtica, aquesta és principalment de caràcter religiós i jurídic, encara que també hi ha obres de filosofia, lingüística, astronomia, música, medicina i obres de creació literària.
La procedència de les peces és variada. La més significativa, pel nombre de manuscrits que aporta, és la compra realitzada cap a 1860, per una delegació del govern espanyol en Marroc. Entre les procedències de biblioteques privades, destaquen la del cardenal Zelada, la del duc d'Osuna i Infantado o la de Serafín Estébanez Calderón. També s'ha fet alguna compra recent com aquest Alcorà del segle XII adquirit en una subhasta de Christie´s en 1990.
Grec
El fons grec es compon de prop de 365 manuscrits, descrits en bona mesura per Juan d'Iriarte, il·lustre bibliotecari en el s. XVIII de la Real Biblioteca. Una part important d'aquest fons procedeix de la biblioteca de Constantino Láscaris (1434-1501), erudit bizantí emigrat a Itàlia en el s. XV i fundador d'una prestigiosa escola a Messina (Sicília). El gruix de la biblioteca de Constantino Láscaris es conserva, en la Biblioteca Nacional. en formar part de la col·lecció del duc d'Uceda, virrey de Sicília, en haver estat la seva biblioteca confiscada per Felipe V després de la guerra de Secessió.
El Papir d'Ezequiel, redactat en grec, és el manuscrit més antic que es conserva en la institució. Són 20 pàgines datades entre els segles II i III i pertanyen al primer còdex conegut de l'Antic Testament grec.
Encara que roman en dipòsit en la BNE des de 1983, el Papir d'Ezequiel forma part de la col·lecció Papyri Matritenses de la Fundació Pastor d'Estudis Clàssics, constituïda per 348 papirs egipcis redactats en grec i en copto, que van ser escrits entre els segles II a. C. i VII d. C.
Hebreu
En el cas de la col·lecció de la BNE la major part dels 46 manuscrits que la formen es van incorporar a la mateixa en data tardana i molts van ser copiats fora de la Península. En la seva major part procedeixen de convents o altres institucions de l'Església desamortitzades; solament sis còdexs procedeixen de compres a particulars i dels vuit restants es desconeix la procedència. Els més nombrosos són els procedents de la catedral de Toledo i del convent de Sant Martín de Madrid.
Els procedents de Toledo (21 còdexs en total), a excepció d'una bíblia, formaven part de la col·lecció personal del cardenal Francisco Javier Zelada, que va ser bibliotecari de la Biblioteca Vaticana, per la qual cosa molts són de factura italiana.
De la col·lecció de dinou còdexs hebreus reunida pel bibliotecari i hebraísta Martín Sarment en el convent de Sant Martín de Madrid només set o vuit es conserven en la BNE, potser a causa dels successius trasllats soferts fins a arribar a la seu actual de Recoletos.
Del convent de Sto. Tomás d'Àvila, per la seva banda, procedeix el manuscrit que avui dia porta la signatura Vitr/26/6, una magnífica bíblia.
Malgrat aquest reduït nombre, és notable la varietat de formats i contingut dels manuscrits hebreus en la BNE. Com és d'esperar, varis dels exemplars contenen la Bíblia hebrea o parts de la mateixa. També hi ha un grup de set manuscrits (Mss/5480-5485) destinats a guiar l'oració personal. Es tracta de dt.ḥzorim segons el ritu dels jueus de Roma, a excepció de el Mss/5480, d'origen askenazi.
A més dels textos bíblics són abundants els comentaris rabínicos als mateixos, així com obres gramaticals traduccions d'obres filosòfiques i científiques