Il est très nombreux le fond historique et genealógico de la BNE, spécialement en le référent aux âges Moyens et Modernes. Donnée la présence internationale des royaumes hispánicos dans ces moments s'agit d'une collection très importante ne seulement pour l'histoire péninsulaire, mais aussi pour l'histoire européenne de ces moments.

Comme exemple, la Chronique de Juan Fernández d'Heredia, une importante attestation de l'expansion de la Couronne d'Aragon par le Méditerranéen dans le bas Âge Moyenne.

il aussi est très important le fond genealógico: armoriales, nobiliarios, arbres genealógicos, et, surtout, une grande collection de lettres ejecutorias d'hidalguía, documents avec lesquels se certifiait la condition de gentilhomme de son détenteur et que c'est pour cela qu'ils ont reçu souvent un riche décor illuminée, avec des thèmes religieux ou des portraits du monarque reinante. Bonne part d'elles procède de la bibliothèque de Juan Alfonso Guerre, roi d'armes de Felipe V.