É moi numeroso o fondo histórico e genealógico da BNE, especialmente no referente ás idades Media e Moderna. Dada a presenza internacional dos reinos hispánicos nestes momentos trátase dunha colección moi importante non só para a historia peninsular, senón tamén para a historia europea destes momentos.

Como exemplo, a Crónica de Juan Fernández de Heredia, un importante testemuño da expansión da Coroa de Aragón polo Mediterráneo na baixa Idade Media.

Tamén é moi importante o fondo genealógico: armoriales, nobiliarios, árbores genealógicos, e, sobre todo, unha gran colección de cartas ejecutorias de fidalguía, documentos cos que se certificaba a condición de fidalgo do seu posuidor e que por iso recibiron a miúdo unha rica decoración iluminada, con temas relixiosos ou retratos do monarca reinante. Boa parte delas procede da biblioteca de Juan Alfonso Guerra, rei de armas de Felipe V.