Manuscrits religiosos i litúrgics
El fons de manuscrits religiosos i litúrgics de la BNE destaca no només per la seva abundància, sinó també pels seus bells exemplars amb miniatures. En ells s'inclouen tractats litúrgics, llibres de culte i llibres d'hores, dels quals la BNE té una important col·lecció, en els quals estan representades totes les escoles europees.
La procedència és diversa. Sobresurten els procedents de la biblioteca de Juan Francisco Pacheco Téllez Girón, duc consort d'Uceda (1711), biblioteca confiscada per Felipe V després de la guerra de Secessió. Com virrey de Sicília, va recollir els còdexs de la Catedral de Messina i d'altres esglésies d'Itàlia.
Importants per la seva quantitat i qualitat són els fons de la Catedral de Toledo, entre els quals destaquen els visigóticos i les col·leccions reunides pels cardenals Lorenzana i Zelada a la fi del segle XVIII.
Tampoc falten els exemplars decorats per a la reialesa o per a les famílies de la noblesa, i per als grans prelats, com els Pontificales per a ús d'Alonso Carillo, arquebisbe de Toledo i de Luis d'Encunya, bisbe de Burgos
