El panorama nacional vuelve a dar un vuelco, en este caso dramático, con el inicio de la Guerra Civil de 1936. El país se dividió en dos y lo mismo sucedió con sus instituciones, incluyendo dentro de estas al Patronato Nacional de Turismo (PNT). Mientras que en la España republicana se mantuvo como tal, en la España bajo el control de los nacionales surgió en enero de 1938 el Servicio Nacional del Turismo, nombre que mantuvo hasta finales de ese año al cambiarlo por Dirección General de Turismo. Ambas instituciones tuvieron como objetivo la propaganda bélica.

En lo que respecta al PNT republicano su actividad más reseñable se realizó a través de su Servicio de Información que en colaboración con la Junta de Incautación, Protección y Conservación del Tesoro Artístico y Nacional lanzó una serie de folletos y carteles bajo el título de El fascismo destruye el tesoro artístico de España. En cuanto a las oficinas de información, los albergues, paradores y el resto de edificios pertenecientes a la Red de alojamientos también sufrieron los efectos de la guerra y algunos de estos edificios fueron utilizados como edificios militares u hospitales.

En bando nacional la organización fue más efectiva. En 1938 se ponían en marcha las rutas de guerra, paquetes turísticos a través de las zonas conquistadas a la España republicana y destinadas a público extranjero fundamentalmente, que deseara ver los distintos frentes de guerra. Una vez terminada la contienda dieron origen al Servicio de Rutas Nacionales de España.